错牙合畸形的发病因素一般为遗传性因素和获得性因素两大类。遗传因素主要为种族演化和退化，遗传因素大约占30%。获得性因素有以下几方面：
乳牙早失
会出现间隙不足，产生拥挤错位。失去导萌作用，恒牙萌出时出现错位和无法萌出。
不良习惯
多数为吮指习惯、舌习惯、咬唇习惯、咬物习惯、伸下颌习惯、不良吞咽习惯、偏侧咀嚼习惯等，可以引起各种各样的错牙合。
多生牙
多生牙能引起牙、颌系统的形态动能紊乱，中切牙间多生牙可导致中切牙间隙的形成等。
先天性缺失牙
多为发育和胚胎原因，第三磨牙的缺失多为种系发生的退化现象。
乳牙滞留
个别牙逾期不脱落为乳牙滞留，可导致继替恒牙萌出被阻而呈埋伏，或错位萌出。
乳尖牙磨耗不足
因为儿童吃的食物过软，所以有的乳尖牙不如其他牙齿磨耗多，因而高出牙弓牙合面，产生早接触，造成前方或侧方移动，形成反牙合。
其他
另外还有许多全身因素和局部疾病因素，如传染病、营养不良、内分泌因素、维生素缺乏、唇腭裂、下颌髁状突良性肥大症、颜面肥大症等。
